Das Fichtelgebirge ist eine europäische Wasserscheide für Gewässer. Von hier aus fließen Bäche, die später zu Flüssen und Gewässern werden, in alle vier Himmelsrichtungen.

Am Ochsenkopf entspringt der Main; er fließt nach Westen und mündet in den Rhein. Am gleichen Berg hat die Naab ihre Quelle, die sich nach Süden wendet, der Donau entgegen. Der Ursprung der Saale ist der Waldstein; sie fließt nach Norden in die Elbe. Die Egerquelle befindet sich am Nordhang des Schneeberges. Das Gewässer verlässt Deutschland bei Hohenberg in Richtung Osten nach Tschechien, um später in die Elbe zu münden.

Die größten Seen im Fichtelgebirge sind der Weißenstädter See, der Fichtelsee und der Nageler See. Daneben gibt es sehr viele größere Teich- bzw. Weiheranlagen, die der Fischzucht dienen, aber die auch, durch ihre oft idyllische Lage, einen Besuch wert sind.